Neljän nukleiinihappo-monistusmäärityksen suorituskyky SARS-COV-2: n tunnistamiseksi Etiopiassa

Kiitos vierailustasi Nature.com. Käytät selainversiota, jolla on rajoitettu CSS -tuki. Parasta kokemusta suosittelemme, että käytät päivitettyä selainta (tai poista yhteensopivuustilaa Internet Explorerissa). Lisäksi jatkamme tuen varmistamiseksi sivuston ilman tyylejä ja JavaScriptiä.
Näyttää kolmen dioa karusellin kerralla. Käytä edellisiä ja seuraavia painikkeita siirtyäksesi kolmen dionin läpi kerrallaan tai käytä lopussa olevia liukusäätimen painikkeita liikkuaksesi kolmen dionin läpi kerrallaan.
Coronavirus-taudin (COVID-19) puhkeamisen jälkeen vuoden 2019 jälkeen ympäri maailmaa on kehitetty monia kaupallisia nukleiinihappojen monistustestejä (NAAT) ja niistä on tullut standardimäärityksiä. Vaikka laboratoriodiagnostiikkatesteihin kehitettiin nopeasti useita testejä, näiden testien suorituskykyä ei ole arvioitu monissa ympäristöissä. Siksi tämän tutkimuksen tavoitteena oli arvioida Abbott SARS-COV-2-, Daan-geeni-, BGI- ja Sansure-biotekniikkamääritysten suorituskyky yhdistelmävertailutandardilla (CRS) käyttämällä. Tutkimus tehtiin Etiopian kansanterveysinstituutissa (EPHI) 1. - 30. joulukuuta 2020. 164 Nenänielun näytteet uutettiin käyttämällä Qiaamp RNA -mini -sarjaa ja Abbott DNA -näytteen valmistusjärjestelmää. 164 näytteestä 59,1% oli positiivista ja 40,9% negatiivisesti CRS: lle. Sansure Biotekniikan positiivisuus oli merkittävästi alhainen verrattuna CRS: ään (p <0,05). Sansure Biotekniikan positiivisuus oli merkittävästi alhainen verrattuna CRS: ään (p <0,05). Положителные резтаты sansure biotech ыи значитеьно ниже по сравнению с crs (p <0,05). Sansure Biotechin positiiviset tulokset olivat merkittävästi alhaisemmat kuin CRS (P <0,05).与 CRS 相比 ， sansure biotekniikka 的阳性率显着较低（ p <0,05）。与 CRS 相比 ， sansure biotekniikka 的阳性率显着较低（ p <0,05）。 У Sansure Biotech ыо значително менше положителных резтатов по сравнению с crs (p <0,05). Sansure Biotechilla oli huomattavasti vähemmän positiivisia tuloksia verrattuna CRS: ään (p <0,05).Neljän analyysin yleinen sopimus oli 96,3–100% verrattuna CRS: ään. Sansure -biotekniikan määrityksen alhaisen positiivisuusasteen lisäksi neljän määrityksen suorituskyky oli melkein vertailukelpoinen. Sellaisenaan Sansure Biotech [VAIN RUVE (RUO)] -määritys vaatii lisävalidointia sen käyttöön Etiopiassa. Lopuksi on harkittava lisätutkimuksia arvioidaksesi määritystä asianmukaisten valmistajan vaatimuksilla.
Laboratoriotestaus on osa Maailman terveysjärjestön (WHO) strategista suunnitelmaa Coronavirus-taudista 2019 (COVID-19) Valmius ja vaste (SPRP). Kuka neuvoo, että maiden on rakennettava laboratoriokykyä parantaakseen valmistautumista, asianmukaista tapaushallintaa, valppautta ja nopeaa vastausta kansanterveyden haasteisiin. Tämä viittaa siihen, että laboratorion rooli on avain nousevien tartunta -aineiden taudin ja epidemiologian karakterisoimiseksi ja niiden leviämisen hallitsemiseksi.
COVID-19: n diagnoosi vaatii epidemiologista ja lääketieteellistä tietoa, henkilökohtaisia ​​oireita/merkkejä sekä radiografisia ja laboratoriotietoja2. Koska COVID-19-puhkeaminen ilmoitettiin Wuhanissa, Kiinassa, ympäri maailmaa on kehitetty monia kaupallisia nukleiinihappojen monistustestejä (NAAT). Reaaliaikaisia ​​käänteistranskription polymeraasiketjureaktiota (RRT-PCR) on käytetty rutiinina ja standardimenetelmänä vakavan akuutin hengitysoireyhtymän 2 (SARS-COV-2) 3 -infektion laboratoriodiagnoosiksi. SARS-COV-2: n molekyylin havaitseminen perustuu tyypillisesti N (nukleokapsidiproteiinigeeniin) E (kirjekuoren proteiinigeeni) ja RDRP (RNA-riippuvaiset RNA-polymeraasigeenit) geeneihin ORF1A/B (avoin lukukehys 1A/B). geeni) alue, joka on tunnistettu virusgenomista. Niitä pidetään virusgenomeissa virusgenomeissa virustunnistuksen 4. Näistä geeneistä RDRP- ja E -geeneillä on korkea analyyttinen havaitsemisherkkyys, kun taas N -geenillä on alhainen analyyttinen herkkyys5.
PCR -määritysten suorituskyky voi vaihdella useista tekijöistä, kuten: uuttoreagenssit, monistus-/havaitsemisreagenssit, uuttomenetelmä, PCR -koneen laatu ja muut instrumentit. Huhtikuun 2020 jälkeen yhdeksän maasta peräisin olevaa diagnostista laitetta on saanut hätäkäyttöluvan (EUA) COVID-196-diagnostiikkaan. Etiopiassa SARS-COV-2: n PCR-havaitsemiseen käytetään yli 14 reaaliaikaista PCR-alustoa 26 kansanterveyslaitoksessa, mukaan lukien ABI 7500, Abbott M2000, Roche 48000 ja Quant-Studio7. Lisäksi on saatavana erilaisia ​​PCR-testipaketteja, kuten Daan-geenitesti, Abbott SARS-COV-2 -testi, Sansure Biotech Test ja SARS-COV-2 BGI -testi. Vaikka RRT-PCR on erittäin herkkä, jotkut potilaat, joilla on COVID-19, ilmoittavat vääriä negatiivisia tuloksia, jotka johtuvat viruksen ribonukleiinihapon (RNA) riittämättömistä kopioista väärien keräys-, kuljetus-, varastointi- ja käsittely- ja laboratoriotestausten vuoksi. Henkilöstön olosuhteet ja toimet8. Lisäksi näyte- tai kontrollin väärinkäytökset, syklin kynnysarvo (CT) ja ristireaktiivisuus muiden patogeenisten nukleiinihappojen tai inaktiivisten/jäännös SARS-COV-2-RNA: n kanssa voivat johtaa vääriin positiivisiin tuloksiin RRT-PCR9-määrityksissä. Siksi on selvää, että PCR -testit voivat todellakin tunnistaa geenifragmenttien kantajat, koska ne eivät voi edes erottaa todella aktiivisia virusgeenejä, joten testit voivat tunnistaa vain kantajat eikä potilaat10. Siksi on tärkeää arvioida diagnostinen suorituskyky käyttämällä standardimenetelmiä asetuksessa. Vaikka Etiopian kansanterveysinstituutissa (EPHI) ja koko maassa on saatavana monia NAAT -reagensseja, niiden tehokkuuden vertailevaa arviointia ei ole vielä ilmoitettu. Siksi tämän tutkimuksen tarkoituksena oli arvioida kaupallisesti saatavien sarjojen vertailevaa suorituskykyä SARS-COV-2: n havaitsemiseksi RRT-PCR: llä kliinisiä näytteitä käyttämällä.
Tähän tutkimukseen sisällytettiin yhteensä 164 osallistujaa, joilla epäillään COVID-19. Suurin osa näytteistä oli käsittelykeskuksista (118/164 = 72%), kun taas loput 46 (28%) osallistujaa olivat hoidosta. Keskustassa ei hoidettu osallistujista 15 (9,1%) kliinisesti epäiltyjä tapauksia ja 31: llä (18,9%) oli kontakteja vahvistettuihin tapauksiin. Yhdeksänkymmentäkolme (56,7%) osallistujat olivat miehiä, ja osallistujien keskimääräinen (± SD) ikä oli 31,10 (± 11,82) vuotta.
Tässä tutkimuksessa määritettiin COVID-19: n neljän testin positiiviset ja negatiiviset määrät. Siten Abbott SARS-COV-2 -määritys, Daan Gene 2019-NCOV -määritys, SARS-COV-2 BGI -määritys ja Sansure Biotech 2019-NCOV -määritys olivat 59,1%, 58,5%, 57,9% ja 55,5%. Positiiviset ja negatiiviset komposiitti -vertailustandardin (CRS) pisteet olivat vastaavasti 97 (59,1%) ja 67 (40,9%) (taulukko 1). Tässä tutkimuksessa CRS: n määritelmä perustui "mihin tahansa positiiviseen" sääntöön, jossa neljästä testituloksesta kaksi tai useampia testituloksia, jotka antoivat saman tuloksen, pidettiin todellisina positiivisina tai negatiivisina.
Tässä tutkimuksessa havaitsimme negatiivisen prosentuaalisen sopimuksen (NPA) 100% (95% CI 94,6–100) kaikissa analyyseissä verrattuna CRS: ään. Sansure-bioteknologian analyysi osoitti minimaalisen PPA: n 93,8% (95% CI 87,2-97,1) ja Daan Gene 2019-NCOV -analyysin kokonaisopimus oli 99,4% (95% CI 96,6-99,9). Sitä vastoin SARS-COV-2 BGI -määrityksen ja Sansure Biotech 2019-NCOV -määrityksen välinen yleinen sopimus oli vastaavasti 98,8% ja 96,3% (taulukko 2).
Cohenin Kappa-yhtiökerroin CRS: n ja Abbott SARS-COV-2 -määritystulosten välillä oli täysin yhdenmukainen (k = 1,00). Samoin Cohenin Kappa-arvot, jotka ovat havaitsemassa Daan Gene 2019-NCOV, SARS-COV-2 BGI ja Sansure Biotech 2019-NCOV, ovat myös täysin yhdenmukaisia ​​CRS: n kanssa (K ≥ 0,925). Tässä vertailevassa analyysissä chi-neliötesti (MCNEMAR-testi) osoitti, että Sansure Biotech 2019-NCOV -määritystulokset olivat merkittävästi erilaisia ​​kuin CRS-tulokset (p = 0,031) (taulukko 2).
Kuten kuviossa 1 esitetään1 Abbott SARS-COV-2 -määrityksen alhaisimman CT-arvon (<20 ct) prosenttiosuus (yhdistetty RDRP ja N-geeni) oli 87,6% ja ORF1A/B-geenin CT-arvo Biotech 2019-NCOV-määrityksestä osoitti, että alhaisen CT-arvon (<20 CT) prosenttiosuus oli 50,3% ja korkea CT-arvo (36–40 CT) oli 3,2%. 1 Abbott SARS-COV-2 -määrityksen alhaisimman CT-arvon (<20 ct) prosenttiosuus (yhdistetty RDRP ja N-geeni) oli 87,6% ja ORF1A/B-geenin CT-arvo Biotech 2019-NCOV-määrityksestä osoitti, että alhaisen CT-arvon (<20 CT) prosenttiosuus oli 50,3% ja korkea CT-arvo (36–40 CT) oli 3,2%.Kuten kuviossa 1 esitetään1, процент наименьшего значения Ct (< 20 Ct) анализа Abbott SARS-CoV-2 (комбинированный ген RdRp и N) составил 87,6%, а значение Ct гена Orf1a/b аализа sansure biotech 2019-ncov показало что процент низогозначения ct (<20 ct) состав 50,3%, ы 360-360 составо 3,2%. 1, Abbott SARS-COV-2: n alhaisimman CT-arvon (<20 CT) analyysin prosenttiosuus (yhdistetty geeni RDRP ja N) oli 87,6%, ja ORF1A/B-geenianalyysin CT-arvo osoitti, että alhaisen CT-arvon (<20 CT) prosenttiosuus (<20 ct) otti vastaan ​​50,3%ja korkean arvon CT (360 CT).如图 1 所示 ， Abbott SARS-COV-2 检测（结合 rdrp 和 n 基因） 的最低 ct 值百分比（ <20 ct） 为 87,6%， sansure biotech 2019-ncov 检测的 orf1a/b 基因 ct 值显示低 ct 值 (<20 ct) 的百分比为 50,3%， 高 CT 值 (36–40 CT) 的百分比为 3.2%。 ， 高 CT 值 (36–40 Kuten kuviossa 1 esitetään, Abbott SARS-COV-2 -testin (RDRP: n ja N-geenin yhdistelmä) alin CT-arvoprosentti (<20 ct) on 87,6%, ORF1A/B Как показано на риснке 1, аализ Abbott SARS-COV-2 (сетающий гены rdrp и n) имел самое низое п 20 cTцеццел meмоениз [20 разере 87,6%, значение ct гена orf1a/b в иедовани minä -sansure biotech 2019- анализ ncov показал низий ct. Kuten kuviossa 1 esitetään, Abbott SARS-COV-2 -määrityksellä (yhdistämällä RDRP- ja N-geenit) oli alhaisin CT-arvo (<20 CT) 87,6%, kun taas ORF1A/B-geenin CT-arvon CT-arvossa-NCOV: n analyysi osoitti alhaisen CT: n. Процент значений (<20 ct) составил 50,3%, ароцент ыоких значений ct (36–40 ct) состав 3,2%. Arvojen prosenttiosuus (<20 ct) oli 50,3%ja korkeiden CT -arvojen prosenttiosuus (36–40 ct) oli 3,2%.Abbott SARS-COV-2 B -testi tallennettu CT-arvot yli 30. Toisaalta BGI SARS-COV-2 -määritys ORF1A/B-geenissä oli korkea CT-arvo (> 36 ct) prosenttiosuus 4% (kuva 1). Toisaalta BGI SARS-COV-2 -määritys ORF1A/B-geenissä oli korkea CT-arvo (> 36 ct) prosenttiosuus 4% (kuva 1). С друй стороны, в аизе bgi sars-cov-2 ген Orf1a/b иел ыоокое значение CT (> 36 ct), процент которогогосо 4 4. Toisaalta BGI SARS-COV-2-geenin ORF1A/B-analyysissä oli korkea CT-arvo (> 36 ct), jonka prosenttiosuus oli 4% (kuva 1).另一方面 ， 在 BGI SARS-COV-2 检测中 ， ORF1A/B 基因具有高 CT 值（> 36 ct） 的百分比为 4%（图 1）。 Toisaalta, BGI SARS-COV-2: n havaitsemisessa ORF1A/B-geenin prosenttiosuus, jolla on korkea CT-arvo (> 36 ct) on 4% (kuva 1). С друй стороны, в низе bgi sars-cov-2 процент генов orf1a/b с ыыокими значенияи ct (> 36 ct) состил 4% (р. Toisaalta BGI SARS-COV-2 -analyysissä ORF1A/B-geenien prosenttiosuus, jolla oli korkeat CT-arvot (> 36 ct), oli 4% (kuva 1).
Tässä tutkimuksessa otimme 164 nenänielunäytettä. Kaiken tyyppisille määrityksille suoritettiin RNA: n eristäminen ja monistus käyttämällä vastaavien valmistajien suosittelemia menetelmiä ja sarjoja.
Tämä tutkimus osoitti, että Abbottin SARS-COV-2: n testillä on sama havaitsemis suorituskyky kuin CRS: llä, 100% positiivisella, negatiivisella ja yleisen yhdenmukaisuuden kanssa. Cohenin Kappa -sopimus on 1,00, mikä osoittaa täydellisen sopimuksen CRS: n kanssa. Samankaltaisessa tutkimuksessa Washingtonin yliopiston Yhdysvalloissa havaitsi, että SARS-COV-2: n ABBOTT-testin yleinen herkkyys ja spesifisyys oli vastaavasti 93% ja 100% verrattuna CDC: n laboratorion määräämään määritykseen (LDA). 11. Wienin tutkimus, Itävalta osoitti myös, että suuret uuttonäytteen määrät ja havaitseminen eluenttien tilavuudet minimoivat laimennusvaikutuksia ja lisääntynyttä havaitsemisen tehokkuutta13. Siten Abbottin täydellinen vastaavuus SARS-COV-2-määritykselle voidaan liittää alustan havaitsemisjärjestelmään, joka samanaikaisesti havaitsee yhdistelmägeenit, purkaa suuren määrän näytteitä (0,5 ml) ja käyttää suurta määrää eluenttia (40 ui).
Tuloksemme osoittivat myös, että Daan -geneettisen testin havaitseminen oli melkein sama kuin CRS: n. Tämä on yhdenmukaista tutkimuksen14 kanssa, joka tehtiin Huainanissa, Kiinassa sijaitsevassa Anhuin yliopistossa, ja valmistajan vaatimuksesta 100% positiivisesta sopimuksesta. Huolimatta johdonmukaisista tuloksista, yksi näyte oli väärä negatiivinen saman eluaatin uudelleentestauksen jälkeen, mutta oli positiivinen Abbott SARS-COV-2- ja Sansure Biotech NCOV-2019 -määrityksissä. Tämä viittaa siihen, että tuloksissa voi olla vaihtelua erityyppisissä määrityksissä. Siitä huolimatta Kiinassa15 suoritetussa tutkimuksessa Daan-geenimäärityksen tulos oli merkittävästi erilainen (p <0,05) verrattuna niiden laboratorioon määritettyyn vertailukeskeeseen. Siitä huolimatta Kiinassa15 suoritetussa tutkimuksessa Daan-geenimäärityksen tulos oli merkittävästi erilainen (p <0,05) verrattuna niiden laboratorioon määritettyyn vertailukeskeeseen. Тем ненее, и иедедании, проведенном китае15, резтат аализа daan -geeni зечителнотличич [P <0,05). лабораторного эталонного аализа. Kiinassa15 tehdyssä tutkimuksessa Daan -geenin analyysitulos oli kuitenkin merkittävästi erilainen (p <0,05) kuin niiden laboratorion vertailun analyysi.然而 ， 在中国进行的研究中 15 ， 大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异（ p <0,05）。然而 ， 在中国进行的研究中 15 ， 大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差 <0,05 Однако и и едедании, проведенном к китае15, резтаты генетичесого теста Daan з [ сравнению с со эталонны лабораторны ттом. Kiinassa15 tehdyssä tutkimuksessa Daanin geneettisen testin tulokset olivat kuitenkin merkittävästi erilaisia ​​(p <0,05) verrattuna sen vertailulaboratoriokokeen.Tämä ero voi johtua vertailutestin herkkyydestä SARS-COV-2: n havaitsemiseksi, ja lisätutkimukset voivat olla tärkeitä syyn määrittämiseksi.
Lisäksi tutkimuksessamme arvioi SARS-COV-2 BGI -määrityksen vertailevaa suorituskykyä CRS: llä, mikä osoittaa erinomaisen positiivisen prosentuaalisen sopimuksen (PPA = 97,9%), negatiivisen prosentuaalisen sopimuksen (NPA = 100%) ja sukupuolen (OPA) kokonaisprosentin sopimuksen. ). = 98,8%). Cohenin Kappa -arvot osoittivat hyvää sopimusta (k = 0,975). Tutkimukset Alankomaissa16 ja Kiinassa15 ovat osoittaneet johdonmukaisia ​​tuloksia. SARS-COV-2 BGI -koe on yksi geenin (ORF1A/B) havaitsemistesti käyttämällä 10 ui: n monistus/havaitsemiselaatin. Huolimatta hyvästä tilastollisesta sopimuksesta vertailutuloksemme kanssa, analyysi jäi kahdesta positiivisesta näytteestä (1,22%) kokonaisnäytteestä. Tällä voi olla valtavia kliinisiä vaikutuksia leviämisdynamiikkaan sekä potilaan että yhteisön tasolla.
Toinen tähän tutkimukseen sisältyvä vertaileva analyysi oli Sansure Biotech NCOV-2019 RRT-PCR (RUO) -määritys; Kokonaisprosentti oli 96,3%. Sopimuksen vahvuus määritettiin myös Cohenin Kappa -arvolla, joka oli 0,925, mikä osoittaa täydellisen sopimuksen CRS: n kanssa. Tuloksemme ovat jälleen identtisiä tutkimusten kanssa, jotka tehdään Changshan Central Etelä -yliopistossa, Kiinassa, ja Liuzhoun kansan sairaalan kliinisessä laboratorioosastolla, Liuzhou City, Kiina17. Vaikka edellä mainittu hyvä tilastollinen yhdenmukaisuus rekisteröitiin, chi-neliötesti (MacNemar-testi) osoitti, että Sansure Biotech -määrityksen tuloksella on ollut tilastollisesti merkitsevä ero verrattuna CRS: ään (p <0,005). Vaikka edellä mainittu hyvä tilastollinen yhdenmukaisuus rekisteröitiin, chi-neliötesti (MacNemar-testi) osoitti, että Sansure Biotech -määrityksen tuloksella on ollut tilastollisesti merkitsevä ero verrattuna CRS: ään (p <0,005). Несотр на т, что ыо зафикировано уазанное хе хорошее статистичесое сответстви [ (критерий макнемаара) показал, что рзтат аализа sansure biotech иет статистичеси значимое сие пие [crs п Meвн [ 0,005). Vaikka yllä oleva hyvä tilastollinen sopimus kirjattiin, chi-neliötesti (McNemar-testi) osoitti, että Sansure Biotech -määrityksen tuloksella oli tilastollisesti merkitsevä ero verrattuna CRS: ään (p <0,005).尽管记录了上述良好的统计一致性 ， 但卡方检验（ Macnemar 检验） 表明 ， sansure biotekniikka 检测的结果与 crs 相比具有统计学显着差异（ p <0,005）。尽管 记录 了 上述 良好 统计 一致性 ， 但 检验 （（ Macnemar 检验 表明 ， ， sansure Biotech 检测 结果 与 Crs 相比 具有 显着 （（ p <0,005 。。。。。。。。。。。。。。。。。。。））））） Несотря на отмеченное хе хе хороше стаintä статистичеси значим разници (p <0,005) меж анализом sansure biotech и crs. Huolimatta yllä mainitusta hyvästä tilastollisesta sopimuksesta Chi-neliötesti (McNemar-testi) osoitti tilastollisesti merkitsevän eron (p <0,005) Sansure Biotech -määrityksen ja CRS: n välillä.Kuuden näytteen (3,66%) havaittiin olevan vääriä negatiivisia verrattuna CRS: ään (täydentävä taulukko 1); Tämä on erittäin tärkeää, etenkin kun otetaan huomioon viruksen leviämisen dynamiikka. Yllä olevat tiedot tukevat myös tätä alhaisen havaitsemisnopeuden15.
Tässä tutkimuksessa CT-arvot määritettiin jokaiselle määritykselle ja vastaavalle alustalle, ja alhaisin keskimääräinen CT-arvo ilmoitettiin Abbott SARS-COV-2 -määrityksessä. Tämä tulos voi liittyä Abbottin samanaikaiseen yhdistettyyn geenitestausjärjestelmään SARS-COV-2: n havaitsemiseksi. Siksi kuvion 1 mukaan 87,6% Abbott SARS-COV-2-tuloksista CT-arvot olivat alle 20. Vain pieni määrä näytteen tuloksia (12,4%) oli 20-30 alueella. Yli 30 -vuotiaita CT -arvoja ei tallennettu. Sen lisäksi, että Abbott on käyttänyt SARS-COV-2-paneelin geenitestausmuotoa, tämä tulos voi liittyä alempaan havaitsemisrajaan (32,5 RNA-kopioita/ml) 18, joka on kolme kertaa alhaisempi kuin yrityksen alaraja 100 RNA-kopiota/ml. Ml) 19.
Tällä tutkimuksella on joitain rajoituksia: Ensinnäkin meillä ei ole standardi-/referenssimenetelmiä [kuten viruskuormitusta tai muita laboratoriotestejä (LDA)] resurssien puutteen vuoksi. Toiseksi, kaikki tässä tutkimuksessa käytetyt näytteet olivat nenänielun swappeja, kun taas tuloksia ei ollut sovellettavissa muihin näytetyyppeihin ja kolmanneksi näytteen koko oli pieni.
Tässä tutkimuksessa verrattiin SARS-COV-2: n neljän RRT-PCR-määrityksen suorituskykyä nenänielun näytteillä. Kaikilla havaitsemismäärityksillä oli melkein vertailukelpoinen suorituskyky, lukuun ottamatta Sansure Biotech -määritystä. Lisäksi alhainen positiivisuusaste tunnistettiin SanSure Biotech -määrityksessä verrattuna CRS: ään (p <0,05). Lisäksi alhainen positiivisuusaste tunnistettiin SanSure Biotech -määrityksessä verrattuna CRS: ään (p <0,05). Кроме то, т тте sansure biotech ы ы ы ыен низий процент полителных резтатов п п п п п п п п п п п п п п п 05). Lisäksi Sansure Biotech -testi osoitti pienen positiivisen tuloksen prosenttiosuuden verrattuna CRS: ään (p <0,05).此外 ， 与 crs 相比 ， sansure biotekniikka 检测的阳性率较低 (p <0,05)。此外 ， 与 crs 相比 ， sansure biotekniikka 检测的阳性率较低 (p <0,05)。 Кроме то, анализ sansure biotech иел более низий уровень полителных резтатов пов пов п п п п п0 105). Lisäksi Sansure Biotech -määritys oli alhaisempi positiivisuusaste verrattuna CRS: ään (p <0,05).PPA: n, NPA: n ja yleisen sopimuksen Sansure Biotech NCOV-2019 (RUO) -analyysi ylitti 93,5% Cohen Kappa -sopimuksen arvon ollessa 0,925. Lopuksi, Sansure Biotech -määritys (RUO) tarvitsee lisävalidointia käytettäväksi Etiopiassa, ja lisätutkimuksia olisi otettava huomioon yksittäisten valmistajien väitteiden arvioimiseksi.
Vertaileva tutkimussuunnittelu suoritettiin neljässä terveyslaitoksessa Addis Abebassa, Eka Koteben sairaalassa, Millennium -kirkon hoitokeskuksessa, Zewooditu Memorial Hospital -sairaalassa ja Pyhän Pietarin tuberkuloosin asiantuntija -sairaalassa. Tiedot kerättiin 1. -31.12.2020. Tämän tutkimuksen lääketieteelliset tilat valittiin tarkoituksellisesti niiden suuren määrän ja kaupungin suurten hoitokeskusten saatavuuden perusteella. Samoin instrumentit, mukaan lukien ABI 7500 ja Abbott M2000 reaaliaikaiset PCR-instrumentit, valittiin NAAT-reagenssin valmistajien suositusten mukaisesti, ja tätä tutkimusta varten valittiin neljä PCR-havaitsemispakkausta, koska useimmissa Etiopian laboratorioissa käytettiin ainakin neljää heistä. Geenitesti, Abbott SARS-COV-2 -testi, SANSURE Biotech Test ja SARS-COV-2 BGI-testi suoritettiin tutkimuksen aikana).
SARS-COV-2: n testaus suoritettiin klo 1-30. joulukuuta 2020 käyttämällä 3 ml viruskuljetusväliainetta (VTM) (Miraclean Technology, Shenzhen, Kiina) henkilöiltä, ​​jotka tutkivat EPHI: lle viitattu COVID-19: lle. Koulutetut näytteen keräilijät keräsivät nenänielunäytteitä ja lähetettiin Ephiin kolminkertaisissa pakkauksissa. Ennen nukleiinihapon eristämistä jokaiselle näytteelle annetaan yksilöllinen tunnistusnumero. Uuttaminen suoritetaan jokaisesta näytteestä heti saapuessaan manuaalisilla ja automaattisilla uuttomenetelmillä. Siten näytteen Abbott M2000: n automaattiselle uuttoa varten (mukaan lukien 0,8 ml kuolleen tilavuuden ja 0,5 ml: n uuttamisen tulotilavuus) uutettiin jokaisesta näytteestä ja kulki Abbott DNA -näytteen valmistusjärjestelmän läpi (Abbott Molecular Inc. Des Plaines, IL, USA). ) Erä 96 [92 näytettä, kaksi havaitsemiskontrollia ja kaksi ei-templaattikontrollia (NTC)] sisällytettiin SARS-COV-2 (EUA) kahden kierroksen kokonaisprosessiin (haku ja havaitseminen) reaaliajassa. kaivos. Samoin manuaalista uuttamista varten käytä samoja näytteitä (automaattiseen uuttamiseen ja löytämiseen). Siten koko prosessin ajan 140 ui -näytettä alikvoottiin ja uutettiin käyttämällä Qiaamp -virus -RNA -minipakkausta (Qiagen GmbH, Hilden, Saksa) 24 -eräissä (mukaan lukien 20 näytettä, kaksi määrityskontrollia ja kaksi NTC) yhdeksän kierrosta. Uutetut eluaatit monistettiin ja havaittiin käyttämällä ABI 7500 -lämpösykleriä käyttämällä SARS-COV-2 BGI -määritystä, Daan-geenimääritystä ja SanSure Biotech -määritystä.
SARS-COV-2-virus-RNA: n automatisoitu eristäminen ja puhdistaminen noudattaa magneettisen helmen periaatetta käyttämällä Abbott DNA -näytteen valmistusreagensseja. Näytteiden inaktivointi ja virushiukkasten liukeneminen suoritetaan käyttämällä pesuainetta, joka sisältää guanidiinisotiosyanaattia proteiinin ja inaktivoinnin RNaasin denaturoimiseksi. RNA erotetaan sitten proteiinista kiinteän faasin erottamalla piidioksidia, ts. Guanidiniumsuolaa ja hajotuspuskurin alkalista pH: ta edistävät nukleiinihappojen sitoutumista piidioksidiin (SiO2). Huuhteluvaihe poistaa jäljellä olevat proteiinit ja roskat kirkkaan liuoksen tuottamiseksi. Läpinäkyvä RNA on eristetty piidioksidipohjaisista mikrohiukkasista käyttämällä instrumentin magneettikenttää20,21. Toisaalta RNA: n manuaalinen eristäminen ja puhdistaminen suoritetaan spin -pylväsmenetelmällä, joka käyttää sentrifugointia magneettisen jalustan ja mikrohiukkasten erottamisen sijaan eluentista.
Abbott reaaliaikainen SARS-COV-2-havaitsemistesti (Abbott Molecular, Inc.) suoritettiin valmistajan ohjeiden mukaisesti, joka sai EUA19,22: n WHO: lta ja FDA: lta. Tässä protokollassa näytteen inaktivointi ennen uuttoa suoritettiin vesihauteessa 56 ° C: ssa 30 minuutin ajan. Viruksen inaktivoinnin jälkeen nukleiinihappouutto suoritettiin Abbott M2000 SP -instrumenttia 0,5 ml: sta VTM: stä käyttämällä ABBOTT M2000 DNA -näytteen valmistusjärjestelmää. valmistajan mukaan. Vahvistus ja havaitseminen suoritettiin käyttämällä Abbott M2000 RT-PCR -laitetta, ja kaksoistunnistus suoritettiin RDRP- ja N-geeneille. Rox) ja Vic P (omistusvärit) sisäisten ohjausten kohdistamiseksi ja havaitsemiseksi, mikä mahdollistaa molempien monistustuotteiden 19 samanaikaisen havaitsemisen 19.
Tämän sarjan vahvistustunnistusmenetelmä perustuu yksivaiheiseen RT-PCR-tekniikkaan. ORF1A/B- ja N -geenit valittiin konservoituneiksi alueiksi DAAN -geenitekniikan avulla kohdealueen monistumisen havaitsemiseksi. Spesifiset alukkeet ja fluoresoivat koettimet (N FAM: lla merkityt geenikoettimet, ORF1A/B-koettimet, jotka on merkitty VIC: llä) on suunniteltu havaitsemaan SARS-COV-2-RNA näytteissä. Lopulliset eluentti- ja master -seokset valmistettiin lisäämällä 5 ui eluenttia 20 ui: een isäntäsekoitusta lopulliseen tilavuuteen 25 ui. Vahvistus ja havaitseminen suoritettiin samanaikaisesti ABI 750024: n reaaliaikaisella PCR-instrumentilla.
ORF1A/B- ja N-geenit havaittiin käyttämällä Sansure Biotech NCOV-2019 -nukleiinihappodiagnostiikkapakkausta (fluoresoiva PCR-havaitseminen). Valmista erityiset koettimet jokaiselle kohdegeenille valitsemalla FAM -kanava ORF1A/B -alueelle ja ROX -kanavalle N -geenille. Tähän määrityspakkaukseen lisätään Eluent- ja Master -sekoitusreagenssit seuraavasti: Valmista 30 ui Master -sekoitusreagenssia ja 20 ui eluoitua näytettä havaitsemista/monistusta varten. Reaaliaikaista PCR ABI 750025: tä käytettiin monistamiseen/havaitsemiseen.
SARS-COV-2 BGI -koe on fluoresoiva reaaliaikainen RRT-PCR-pakkaus COVID-19: n diagnoosiin. Kohdealue sijaitsee SARS-COV-2-genomin ORF1A/B-alueella, joka on yksi geenin havaitsemismenetelmä. Lisäksi ihmisen taloudenhoitogeeni β-aktiini on sisäisesti säännelty kohdegeeni. Pääsekoitus valmistetaan sekoittamalla 20 ui pääasiallista sekoitusreagenssia ja 10 ui uutettua RNA -näytettä kaivolevyllä26. ABI 7500 fluoresoivaa kvantitatiivista reaaliaikaista PCR-instrumenttia käytettiin monistamiseen ja havaitsemiseen. Kaikki nukleiinihapon monistus, PCR -ajo -olosuhteet jokaiselle määritykselle ja tulosten tulkinta suoritettiin vastaavan valmistajan ohjeiden mukaisesti (taulukko 3).
Tässä vertailevassa analyysissä emme käyttäneet vertailustandardimenetelmää määrittämään prosentuaalinen sopimus (positiivinen, negatiivinen ja kokonaisvaltainen) ja muihin vertailuparametreihin neljälle analyysille. Jokainen testivertailu tehtiin CRS: llä, tässä tutkimuksessa CRS asetettiin sääntöllä ”mikä tahansa positiivinen” ja tulos määritettiin, ei yhdellä testillä, käytimme ainakin kahta sovitettua testituloksia. Lisäksi COVID-19-siirron tapauksessa väärät negatiiviset tulokset ovat vaarallisempia kuin väärät positiiviset tulokset. Siksi sanoen "positiivisen" mahdollisimman tarkasti CRS -tuloksesta, ainakin kahden määritystestin on oltava positiivinen, mikä tarkoittaa, että ainakin yksi positiivinen tulos tulee todennäköisesti EUA -määrityksestä. Siten neljästä testituloksesta kaksi tai useampia testituloksia, jotka antavat saman tuloksen, pidetään todellisena positiivisena tai negatiivisena18,27.
Tiedot kerättiin käyttämällä jäsenneltyjä datan poistomuotoja, tietojen syöttö ja analyysi suoritettiin käyttämällä Excel Statistical -ohjelmistoja ja SPSS -versiota 23.0 kuvaaville tilastoille. Analysoitiin positiivista, negatiivista ja kokonaisprosentin sopimusta, ja kappa -pisteet käytettiin kunkin menetelmän sopimuksen asteen määrittämiseen CRS: n kanssa. Kappa-arvot tulkitaan seuraavasti: 0,01-0,20 lievästä sopimuksesta, 0,21-0,40 yleissopimuksesta, 0,41-0,60 maltillisesta sopimuksesta, 0,61-0,80 suuresta sopimuksesta ja 0,81-0,99 täydellisestä sopimuksesta28.
Eettiset puhdistumat saatiin Addis Abeban yliopistosta, ja kaikki tämän tutkimuksen kokeelliset protokollat ​​hyväksyivät Etiopian kansanterveysinstituutin tieteellisen etiikan arviointilautakunnan. EPHI-etiikan lisenssin viitteenumero on EPHI/IRB-279-2020. Kaikkia menetelmiä sovellettiin Etiopian kansallisten kattavien kattavien ohjeiden suositusten ja säännösten mukaisesti COVID-19: n hoitoon. Lisäksi kaikilta tutkimuksen osallistujilta saatiin kirjallinen tietoinen suostumus ennen tutkimukseen osallistumista.
Kaikki tässä tutkimuksessa saadut tai analysoidut tiedot sisältyvät tähän julkaistuun artikkeliin. Tämän tutkimuksen tuloksia tukevia tietoja on saatavana vastaavalta kirjoittajalta kohtuullisessa pyynnössä.
Maailman terveysjärjestö. Suositukset COVID-19: n laboratoriotestrategioista: väliaikainen ohje, 21. maaliskuuta 2020 nro WHO/2019-NCOV/lab_testing/2020.1 (WHO, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, Ki covid-19 Smart Diagnoosi hätäosastolla: All-in käytännössä. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, Ki covid-19 Smart Diagnoosi hätäosastolla: All-in käytännössä.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. ja Gurgulianis, KI Älykäs COVID-19-diagnoosi hätäosastolla: kaikki käytännössä.Muliou DS, Pantazopoulos I. ja Gurgulyanis KI COVID-19: n älykäs diagnoosi hätäosastoilla: Pääsumpaa integraatio käytännössä. Asiantuntija Reverend Respire. lääke. 3, 263–272 (2022).
Mitchell, SL & St George, K. COVID19 ID Now EUA -määritys. Mitchell, SL & St George, K. COVID19 ID Now EUA -määritys.Mitchell, SL ja St. George, K. COVID19 ID Now EUA -määritys.Mitchell SL ja St. George K. COVID19 ID Now EUA -määritys. J. kliininen. Virus. 128, 104429. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
WHO. Coronavirus-taudin laboratorion havaitseminen 2019 (COVID-19) epäillyssä ihmisen sairaudessa. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (saatavana 15. elokuuta 2020) (WHO, 2020).
Udugama, B. et ai. COVID-19-diagnoosi: sairaudet ja testausvälineet. ACS Nano 14 (4), 3822–3835 (2020).
Syed S. et ai. Itäisen, Keski- ja Etelä -Afrikan patologien korkeakoulun perustaminen - Lähi -idän ja Etelä -Afrikan patologian alueellinen koulu. Afrikka. J. Lab. lääke. 9 (1), 1-8 (2020).
Etiopian kansanterveysinstituutti, liittovaltion terveysministeriö. Väliaikainen kansallinen strategia ja ohjaus COVID-19: n laboratoriodiagnoosiin. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/ephi_pheoc_covid-19_laboratory_diagnosis_eng.pdf (käytetty 12. elokuuta 2020) (Ephi, 2020).
Woloshin, S., Patel, N. ja Kesselheim, väärinä negatiivisina SARS-COV-2-tartunnan haasteissa ja vaikutuksissa. Woloshin, S., Patel, N. ja Kesselheim, väärinä negatiivisina SARS-COV-2-tartunnan haasteissa ja vaikutuksissa.Voloshin S., Patel N. ja Kesselheim väärinä negatiivisina testeinä SARS-COV-2-infektioille ja niiden seurauksille.Voloshin S., Patel N. ja Kesselheim väärinä negatiivisina provokaation ja SARS-COV-2-infektion vaikutuksina. N. Eng. J. Lääketiede. 383 (6), E38 (2020).
Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI False-positiiviset ja väärän negatiiviset COVID-19 -tapaukset: hengitysteiden ehkäisy- ja hallintastrategiat, rokotus ja muut näkökulmat. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI False-positiiviset ja väärän negatiiviset COVID-19 -tapaukset: hengitysteiden ehkäisy- ja hallintastrategiat, rokotus ja muut näkökulmat. Mouliou, ds & gourgoulianis, ki ложнопожителные иожнотрицателные саи covid-19: репиратоimet вацинация и далнейшие персектиыы. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Väärät positiiviset ja väärät negatiiviset tapaukset COVID-19: Hengitysteiden ehkäisy- ja hoitostrategiat, rokotus ja tie eteenpäin.Muliu, DS ja Gurgulianis, KI-vääriä positiivisia ja vääriä negatiivisia COVID-19-tapauksia: Strategiat hengitysteiden ehkäisyyn ja hoitoon, rokotuksiin ja etenemiseen. Asiantuntija Reverend Respire. lääke. 15 (8), 993–1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. COVID-19-diagnoosi ensiapuosastolla: puun näkeminen, mutta metsän menettäminen. Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. COVID-19-diagnoosi ensiapuosastolla: puun näkeminen, mutta metsän menettäminen.Mouliou, DS, Ioannis, P. ja Konstantinos, G. COVID-19-diagnoosi hätäosastolla: Katso puu, menetä metsä.Muliou DS, Ioannis P. ja Konstantinos G. COVID-19-diagnoosi hätätilanteissa: puiden metsä ei riitä. Ilmestyy. lääke. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. et ai. Abbottin reaaliaikaisen SARS-COV-2-määrityksen analyyttisen ja kliinisen suorituskyvyn validointi ja validointi. J. kliininen. Virus. 129, 104474. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlipour, M. & Aflatoonian, B. Vertailun viisi alukkeista COVID-19: n eri genomialueista virusinfektion havaitsemiseksi tavanomaisella RT-PCR: llä. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlipour, M. & Aflatoonian, B. Viiden COVID-19: n eri genomialueiden vertailu virusinfektion havaitsemiseksi tavanomaisella RT-PCR: llä.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlipour, M. ja Aflatunyan, B. Viiden COVID-19-genomin eri alueiden alukkeiden vertailu viruksen tartunnan havaitsemiseksi tavanomaisella RT-PCR: llä. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlipour, M. & Aflatoonian, B. 比较来自 covid-19 不同基因组区域的五个引物组 ， 用于通过常规 用于通过常规 rt-pcr 检测病毒感染。 Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlipour, M. & Aflatoonian, B. COVID-19: n 5 erilaisen geneettisen alueen vertailu virusinfektion havaitsemiseksi tavanomaisella RT-PCR: llä.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Neyestanaki D, Fazlalipour M. ja Aflatunyan B. Viiden alukkeiden vertailu Covid-19-genomin eri alueista virusinfektion havaitsemiseksi tavanomaisella RT-PCR: llä.Iran. J. Mikrobiologia. 12 (3), 185 (2020).
Goertzer, I. et ai. SARS-COV-2-genomisekvenssien havaitsemista koskevan kansallisen ulkoisen laadun arviointiohjelman alustavat tulokset. J. kliininen. Virus. 129, 104537. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. et ai. Viiden RT-PCR-sarjan tehokkuuden analyyttinen arviointi vaikeaa akuutin hengitysoireyhtymän koronavirus 2. J. Kliininen. laboratorio. peräaukko. 35 (1), E23643 (2021).
Wang B. et ai. Kiinassa seitsemän kaupallisesti saatavan SARS-COV-2-RNA-havaitsemispaketin arviointi reaaliaikaisen polymeraasiketjureaktion (PCR) perusteella. kliininen. Kemikaali. laboratorio. lääke. 58 (9), E149 - E153 (2020).
Van Casteren, PB et ai. Seitsemän kaupallisen RT-PCR COVID-19 -diagnostiikkasarjan vertailu. J. kliininen. Virus. 128, 104412 (2020).
Lu, Yu, et ai. Kahden PCR-sarjan diagnostisen suorituskyvyn vertailu SARS-COV-2-nukleiinihappojen havaitsemiseksi. J. kliininen. laboratorio. peräaukko. 34 (10), E23554 (2020).
LeFart, PR jne. Vertaileva tutkimus neljästä SARS-COV-2-nukleiinihappopahmositustestausalustasta (NAAT) osoitti, että ID-suorituskyky oli merkittävästi hajotettu potilaan ja näytetyypin mukaan. diagnoosi. mikrobiologia. Tartuttaa. diss. 99 (1), 115200 (2021).
Abbott -molekyyli. Abbott reaaliaikainen SARS-COV-2 -analyysipaketti. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/realtime-sars-cov-2-ssay. 1-12. (10. elokuuta 2020) (2020).
Klein, S. et ai. SARS-COV-2-RNA-eristäminen käyttämällä magneettihelmiä RT-QPCR: n ja RT-lampin nopeaan havaitsemiseen nopeasti. Virus 12 (8), 863 (2020).